Høgendekirke og munkekirke
Kildene sier ingenting om noen kirke på Viggja før i 1589. Likevel kan vi regne det som tilnærmet sikkert at det har stått kirke der sammenhengende fra middelalderen og helt fram til 1857. Viggja er en gammel storgård, og flere høvdinger derfra er nevnt i sagaen. De hadde nok sin egen høgendekirke til privat bruk.
Etter at Vigg ble hovedgård for Nidarholm kloster, må vi også tro at det bodde munker der. De hadde nok en kirke hvor de samlet seg om tidebønner og sang.
Stavkirka?
I Reformatsen fra 1589 er det nevnt ei kirke på Viggja. Den kalles Byrszen kirka. Vi kan ikke med sikkerhet si hva slags kirke dette var og når den ble bygd. Det er ikke usansynlig at den ble bygd før svartedauden. I så fall kan det ha vært en stavkirke.
Etter hvert ble denne kirken i så dårlig forfatning at det en gang på 1660-tallet ble besluttet å bygge ny kirke.
Y-kirka fra 1668
Den gamle hovedkirka i Børsa stod på Viggja og var sognekirke både for Børsa og Geitastrand.
Lærer og kirkesanger Johan Hestvold laget da en utførlig beskrivelse av den. Han karakteriserte den som en korskirke med ”tvende fløie” som støtte sammen i midten, en såkalt Y-kirke. Y-kirke var høyeste mote på denne tida, og det ble bygd Y-kirker både i Bratsberg (1663), Rennebu (1669) og Horg (1670), senere også i Tydal og Budal.
Han mente den var bygd i 1668, da dette årstallet var risset inn i låsbeslaget til kordøren, og de lukkede stolene i skipet hadde utskjæringer med kong Fredrik III´s monogram. Fredrik III var konge fra 1648 til 1670.
I kommunestyremøte 8. des. 1853 ble det gjort vedtak om at Y-kirka skulle rives. Fire år senere, i 1857 ble kirka revet. Det ble bestemt å bygge ny kirke både i Børsa og på Geitastrand
En del av inventaret ble tatt vare på og sendt over fjorden til Geitastrand kirke som stod ferdig i 1859. Altertavla, døpefatet, almissetavler, messehagel finnes fortsatt den dag i dag i Geitastrand kirke. Se bildene nedenfor. Dua er en kopi av dua som hang i Viggen kirke, men som i dag oppbevares på Vitenskapsmuseet i Trondheim.