Vi vet ikke med sikkerhet hvem som bygde den, men etter de dekorative detaljer å dømme, tyder det på at steinhuggerne har vært inspirert fra Nord-Italia og England. Mariakirken har brent to ganger, i 1198 og i 1248. Bygningen er usedvanlig godt bevart, og har vært i sammenhengende bruk siden senmiddelalderen. Kirken ble sist restaurert i 1860-årene. Da ble bygningen tilbakeført slik den fremsto i middelalderen.
Inventaret derimot, ble mye mindre prangende, slik at det skulle passe inn i det protestantiske uttrykket.
Inventaret derimot, ble mye mindre prangende, slik at det skulle passe inn i det protestantiske uttrykket.
I høymiddelalderen var Mariakirken bymennenes hovedkirke. Viktige institusjoner i byens styre og stell var knyttet til kirke og kirkegården. I 1408 gikk den over til å bli kirke for de tyske kjøpmenn i Bergen, og var det helt frem til 1766. Da ble den kirke for den tyske menighet i Bergen. Det var den frem til 1874, da den ble ordinær soknekirke. I dag spiller kirken en sentral rolle i byens liv som både kirke, kulturminne og konsertlokale.
Mariakirken ble gjenåpnet etter omfattende rehabilitering sommeren 2015 og resultatet er storslått.