Krigen kom til Svalbard i 1941, og Svalbard ble evakuert. Russerne ble sendt til Murmansk, mens de norske gikk med båt til England. Daværende prest, Just Phillip Christian Kruse, tok med seg altersølvet, dåpsfatet , dåpskanne og kirkens bøker på ferden til England og Skottland. I 1943 ble Longyearbyen bombet av de tyske slagskipene Tirpitz og Scharnhorst, og kirken brant ned.
I 1949 ble Severin H. R. Riiber utnevnt til første offisielle sokneprest på Svalbard. Det tok tid å få opp et nytt kirkebygg, og først i 1956 ble grunnsteinen til en ny kirke lagt ned. Den ble påbegynt i 1957, og kunne endelig innvies og vigsles den 24. august 1958. De gamle alterlysestakene i sølv, som var en gave fra Kong Haakon og dronning Maud, samt dåpskanne og dåpsfat, er i dag på plass i den nye Svalbard Kirke.