Dei gamle skulehusa vart for tronge til større samlingar, og i kyrkjene slapp ikkje utan vidare lekfolket til. På Godøya hadde dei ofte nytta eit stort trandamperi i Paulsneset til møtelokale, men i 1890-åra kom planane om bygging av bedehus fram. Samrådingsmøta vart haldne i det gamle skulehuset i Gøygarden, og folket var samde om å bygge eit hus. Det var skrive kontrakt med Aalesunds Bygnings- og Trævareforretning 9. desember 1901. Det skulle koste kr 2100,-. Bedehuset skulle stå ferdig i august 1902, og slik gjekk det visst. Det første rekneskapet ein finn er frå 1910.
I 1915 heldt det på å gå gale med huset. Midt under ei gravferd byrja det å brenne i bedehuset, og fordi det rann ei elv like forbi huset, greidde ein å sløkke brannen. Det var nokre smågutar som hadde leika seg med eld.
Sommaren 1916 var Prof. Hallesby i Ålesund, der nokre karar frå Gøyna høyrde han. Dei inviterte han ut hit, og dagen etter vart han hente med Jakob O. Godø sin båt "Argus" og teke att og fram. Han tala over emnet "Herre, lær oss å be". Det vart teke opp kollekt til Kristeleg Gymnasium.
Bedehuset vart nytta til ulike føremål, både for å vise fram den nye Mjelva-komfyren og ei tid som skule. Det var småklassene som fekk undervisning her frå si lærarinne Hellebostad, fordi det ikkje var plass i gamleskulen ved Brungot.
Huset vart etterkvart for lite, men først i 1952 vart arbeidet med nytt bedehus sett i gang. Johan Furnes var formann i byggenemnda, og la ned eit stort arbeid. Huset stod ferdig sommaren 1953 og vart seinare same år også vigsla til kyrkjeleg bruk. Dette nye bedehuset kosta kr 148 000,-. Det var på denne tida eit av dei finaste og mest moderne bedehusa på Sunnmøre. I 1977 vart det gjennomført oppussing og utbetringar på bedehuset, og ein bygde også eit lite tilbygg mot aust. I 1994 fatta bedehusstyret eit vedtak om ombygging og utviding av huset. Møtesalen skulle snuast 90 grader slik at altaret ville vende mot sør. Eit større tilbygg mot sør vart planlagt, og også kjellaretasjen skulle utvidast. På konfirmasjonssøndagen i 2001 kunne så det ”nye” bedehuset takast i bruk.
1. mai 2008 var ein merkedag for kyrkjefolket på Godøya. Då kunne ein etter årelange draumar vigsle og ta i bruk det nye klokketårnet og ny kyrkjeklokke.